CESDER-PRODES cuenta con una Dirección Colegiada integrada por tres personas que dan seguimiento a planes y acuerdos de mediano y largo plazo, emanados de la máxima autoridad que es la asamblea de socias y socios que se reúnen cuatro veces al año, en la cual participan 13 personas que integran la Asociación Civil. Simultáneamente para la operación cotidiana de planes y proyectos se cuenta con la asamblea de colaboradores que se reúne cada mes en asamblea plenaria.